Înființat la 18 septembrie 1974, ca instituție muzeală cu profil mixt de istorie și etnografie, muzeul a fost deschis publicului în ziua de 26 septembrie 1975, cu ocazia manifestărilor prilejuite de sărbătorirea a 600 de ani de la prima mențiune documentară a târgului Vaslui. Expoziția de bază s-a conturat în jurul unui bogat patrimoniu cultural constituit din donația profesorului și arheologului Ghenuță Coman. Colecția cuprindea un patrimoniu diversificat de bunuri culturale, încadrate în domenii precum: arheologie, etnografie, istorie, numismatică etc., „recuperate” de către acesta în decursul peregrinărilor sale prin județul Vaslui, de-a lungul a 30 de ani de activitate.

Proaspăt înființat, Muzeul Județean Vaslui și-a concentrat activitatea pe două direcții majore: constituirea expoziției de bază, în vederea deschiderii acestuia către public și organizarea primei manifestări cultural – științifice determinate de împlinirea, în 1975, a 500 de ani de la marea bătălie medievală, victoria lui Ștefan al III-lea la Vaslui- 10 ianuarie 1475.

La 3 luni de la înființare, în zilele de 17-18 ianuarie 1975, la Vaslui s-a desfășurat prima manifestare științifică de amploare, Sesiunea Jubiliară de Comunicări având ca temă: „500 de ani de la victoria de la Podul Înalt. În mai 1976, muzeul vasluian organiza prima Sesiune de Comunicări Științifice cu două secțiuni: Secția Istorie și Secția Etnografie și Muzeologie și a fost publicat primul număr al anuarului Muzeului Județean Vaslui, Acta Moldaviae Meridionalis.

Pe parcursul anilor, patrimoniul cultural al muzeului s-a îmbogățit cu noi colecții: colecția „Constantin Tănase”, prin donația făcută de Virginia Tănase, soția acestuia, colecția „Dumitru și Florica Bagdasar”, prin donația făcută de Ana Păunescu, sora Floricăi Bagdasar, colecția „Emil Racoviță” și transferarea Casei memoriale în administrarea muzeului, etc.

O atenție deosebită a fost acordată sitului arheologic Curtea Domnească Vaslui, a cărei cercetare arheologică a început încă din anul 1942 și continuată sistematic, între anii 1958-1959, cu ocazia lucrărilor de amenajare a terasei destinate construirii stadionului municipal. Ele au fost continuate, cu mici întreruperi, între anii 1976-1982 sub coordonarea științifică a Institutului de Arheologie București în colaborare cu Muzeul Județean Vaslui, și între anii 1998-2005.

În ziua de 28 octombrie 1989 a fost deschisă expoziția de bază a Secției de Artă Plastică Contemporană Românească prin donația făcută de dr. Constantin Teodorescu din Bârlad, marcând nașterea oficială a Secției de Artă.

Începând din iunie 1994, titulatura muzeului va fi Muzeul Județean „Ștefan cel Mare” Vaslui.